Après avoir conduit le FC Porto à son 30e titre de champion du Portugal, remporté la Coupe nationale et la Supercoupe en août, remporté la Coupe de la Ligue Portugaise en février, l’ancien tacticien nantais gagne cette fois la Coupe du Portugal. Il totalise désormais 10 trophées en un peu plus de six ans avec les Dragões, ce qui fait de lui l’entraîneur le plus titré de l’histoire du club devant Artur Jorge (au club entre 1984-1987 et 1989-1991).
Ce dimanche 4 juin, le FC Porto retrouvait en finale Braga, actuel 3e de Ligue Portugaise. L’équipe de Sergio Conceição s’est imposée 2-0 sur des buts d’André Horta contre son camps (53′) et Da Silva Monteiro (81′).
En Ligue des Champions cette saison, le FC Porto s’est incliné avec les honneurs en 8e de finale face au finaliste et peut-être vainqueur de cette édition : l’Inter. Sur les deux rencontres, les Portugais n’ont encaissé qu’un but (lors du match aller 1-0) mais ont écopé d’un carton rouge à chaque match.
Et son passage au FC Nantes ?
En décembre 2016, le Portugais signe un contrat de deux saisons avec le FC Nantes. Reprenant le club à la 19e place, il remporte sa première victoire cinq jours après son arrivée, en battant Montpellier 3 buts à 1 (doublé de Sala et but de Stepinski pour Nantes).
Conceição permet au club de remonter à la 7ème place du championnat, laissant de bons espoirs aux fans des Canaris. Le 19 avril 2017, il prolonge son contrat de 2 ans… avant d’annoncer un mois plus tard qu’il souhaite quitter le club. Il rejoint alors le FC Porto le 1er juillet 2017, avec qui il continue d’écrire l’histoire.